Tại Geneva, Calvin phải đối đầu với không ít sự đề kháng. Năm 1546 chứng kiến sự hình thành một nhóm đối kháng mà ông gọi là những kẻ phóng túng. Theo Calvin, sau khi được giải phóng bởi ân điển, những người này tin rằng họ được miễn trừ khỏi luật pháp dân sự và luật lệ giáo hội. Họ thuộc những gia đình giàu có và có nhiều ảnh hưởng chính trị ở Geneva.[38]

Đầu năm 1546, Pierre Ameaux tấn công Calvin bằng cách gọi ông là "Picard", một cách nói chế giễu nguồn gốc Pháp của Calvin, và cáo buộc ông là tà giáo. Hội đồng thành phố trừng phạt Ameaux bằng cách buộc ông đi diễu hành qua thành phố, và nài xin sự tha thứ của Chúa.[39] Chỉ vài tháng sau Ami Perrin, người từng giúp đưa Calvin đến Geneva, công khai chống đối ông. Vợ của Perrin, Françoise Favre, là con gái của François Favre, một thương gia giàu có ở Geneva. Cả Françoise Favre và cha bà từng có tranh cãi với tòa án giáo hội. Tòa nhận thấy nhiều người quý tộc, trong đó có Perrin, vi phạm luật về khiêu vũ. Lúc đầu, Perrin phớt lờ lệnh triệu tập của tòa, nhưng sau khi nhận một bức thư của Calvin, ông đến hầu tòa với thái độ hòa nhã.[40]

Năm 1547, những người tự do chống đối Calvin và các mục sư đến từ nước Pháp chiếm đa số trong tòa án dân sự của Geneva. Ngày 27 tháng 6, một bức thư có nội dung đe dọa, không ký tên và viết bằng phương ngữ Geneva, được đặt trên tòa giảng của Đại giáo đường St. Pierre, nơi Calvin thuyết giảng. Nghi ngờ có âm mưu chống lại giáo hội và đất nước, hội đồng thành phố bổ nhiệm một ủy ban để điều tra. Jacques Gruet, một thành viên của nhóm Favre, bị bắt giữ khi tìm thấy chứng cứ tội phạm trong nhà của ông. Bị tra tấn, Gruet khai nhận các tội danh như viết thư để trên tòa giảng xúc phạm Chúa và các mục sư cũng như mưu lật đổ giáo hội. Tòa án thành phố kết án tử hình, với sự đồng thuận của Calvin, Gruet bị chém đầu ngày 26 tháng 7.[41] Dù xuất thân từ một gia đình danh giá, Gruet sớm buông mình vào nếp sống phóng túng, chống đối mọi lề luật và qui ước của chính quyền và giáo hội, phỉ báng Chúa Giê-xu và các sứ đồ, chế giễu Kinh Thánh, và khinh miệt các tôn giáo. Đó là những điều không thể dung chịu tại châu Âu thế kỷ 16.[42]

Sự đề kháng vẫn tiếp diễn, những người chống đối sử dụng mọi cơ hội để khơi dậy sự bất bình, lăng mạ các mục sư, và thách thức thẩm quyền tòa án giáo hội. Hội đồng thành phố chao đảo giữa hai bên, khi thì khiển trách, lúc thì ủng hộ Calvin. Tháng 2 năm 1552 lúc Perrin đắc cử vào tòa án dân sự, thẩm quyền của Calvin bị sút giảm đến mức thấp nhất. Ngày 24 tháng 7 năm 1553, Calvin xin từ chức. Mặc dù nhóm chống đối đang kiểm soát hội đồng, đề nghị của Calvin bị từ chối. Họ biết rằng, dù đã có thể kiềm chế thẩm quyền của Calvin, họ chưa đủ mạnh để trục xuất ông.[43]